依大師自撰《八不道人傳》，及成時《續傳》錄寫。複檢《宗論》中諸文增改，並參考別行諸疏、序、跋補訂焉。己未，居錢塘，初稿。辛酉，掩室永嘉，改纂。乙亥，住溫陵月臺再治。老病纏綿，精力頹弊，未能詳密校理，殊自恧也。
　　《年譜》諸文，雖有撮略，或加潤飾，但悉有所據。若述私意，則寫雙行小字，上冠「案」字，以區別也。

明萬曆二十七年，己亥，一歲
　　是年五月三日亥時，大師生。
　　俗姓鐘，名際明，又名聲，字振之。先世汴梁人，始祖南渡，居古吳木瀆。
　　父名之鳳，字岐仲。母金氏，名大蓮。以父持《白衣大悲咒》十年，夢大士送子而生。時父母皆年四十。

庚子，二歲

辛丑，三歲

壬寅，四歲

癸卯，五歲

甲辰，六歲

乙巳，七歲
　　始茹素。己巳，大師〈禮大悲銅殿偈〉有云：「我幼持齋甚嚴肅，夢感大士曾相召。」

丙午，八歲

丁未，九歲

戊申，十歲

己酉，十一歲

庚戌，十二歲
　　就外傅，聞聖學，即以千古道脈為任，囂囂自得。天子不得臣，諸侯不得友。於居敬慎獨之功、致知格物之要，深究之。開葷酒，作論數十篇，闢異端。夢與孔、顏晤言。

辛亥，十三歲

壬子，十四歲

癸丑，十五歲

甲寅，十六歲

乙卯，十七歲
　　閱〈自知錄序〉，及《竹窗隨筆》，乃不謗佛。取所著闢佛論焚之。

丙辰，十八歲

丁巳，十九歲

戊午，二十歲
　　詮《論語．顏淵問仁章》，竊疑「天下歸仁」語。苦參力討，廢寢忘餐者三晝夜，忽然大悟，頓見孔顏心學。
　　冬十一月初五日喪父，享年五十九。聞《地藏本願》，發出世心。
　　（錄者注：大師聞《地藏本願》，發心出世，故其一生盡力宏揚讚歎地藏菩薩。弘一法師曾輯《靈峰贊地藏菩薩別集》一卷，收入《地藏菩薩聖德大觀》內。）
　　庚午，大師〈結壇水齋持大悲咒願文〉有云：「七歲斷肉，未知出世正因。十二學儒，乃造謗法重業。賴善根未絕，每潛轉默移。一觸念於《自知》之序，次旋意於寂感之譚。禮《藥師》妙典，知佛與神殊。聞地藏昔因，知道從孝積。既懷喪父之哀，複切延慈之想。書《慈悲懺法》，矢志尸羅。聽《大佛頂經》，決思離俗。」

己未，二十一歲
　　至星家問母壽，言六十二、三，必有節限。遂於佛前立深誓：「唯願減我算，薄我功名，必冀母臻上壽。」

庚申，二十二歲
　　專志念佛，盡焚窗稿二千餘篇。

天啟元年，辛酉，二十三歲
　　聽《大佛頂經》謂：「世界在空，空生大覺。」遂疑何故有此大覺，致為空界張本？悶絕無措。但昏散最重，功夫不能成片。因決意出家，體究大事。七月三十日，撰《四十八願》願文。時名「大朗優婆塞」。

壬戌，二十四歲
　　夢禮憨山大師，哭恨緣慳，相見太晚。師云：「此是苦果，應知苦因。」語未竟，遽請曰：「弟子志求上乘，不願聞四諦法。」師云：「且喜居士有向上志，雖然不能如黃檗、臨濟，但可如巖頭、德山。」心又未足，擬再問，觸聲而醒。因思古人安有高下，夢想妄分別耳。
　　一月中，三夢憨師。師往曹溪，不能遠從。乃從雪嶺峻師剃度，命名智旭。雪師，憨翁門人也。

〔案〕大師字蕅益，又字素華。當時諸緇素撰述中，多稱「素華」也。將出家，先發三願：一、未證無生法忍，不收徒眾。二、不登高座。三、寧凍餓死，不誦經禮懺及化緣，以資身口。又發三拌：拌得餓死，拌得凍死，拌與人欺死。將出家，與叔言別詩云：「世變不可測，此心千古然；無限他山意，丁寧不在言。」

癸亥，二十五歲
　　是春拜見幽溪尊者，時正墮禪病，未領片益。
　　大師坐禪徑山。至夏，逼拶功極，身心世界忽皆消殞。因知此身從無始來，當處出生，隨處滅盡，但是堅固妄想所現之影。?那?那，念念不住，的確非從父母生也。從此性相二宗，一齊透徹。知其本無矛盾，但是交光邪說大誤人耳。是時一切經論、一切公案無不現前。旋自覺悟，解發非為聖證，故絕不語一人。久之，則胸次空空，不復留一字腳矣。
　　秋，住靜天臺。臘月初八日，從天臺躡冰冒雪，至杭州雲棲。苦到懇古德賢法師為阿闍梨，向蓮池和尚像前，頂受《四分戒本》。

甲子，二十六歲
　　正月三日，於三寶前，然香刺血，寄母書。勸母勿事勞心，惟努力念佛，求出輪迴。
　　十二月廿一日，重到雲棲，受菩薩戒。後一日，撰〈受菩薩戒誓文〉。
　　大師甫受菩薩戒，發心看《律藏》。闍梨古德師試曰：「汝已受大，何更習小？」對曰：「重樓四級，上級既造，下級可廢耶？」師曰：「身既到上層，目豈緣下級？」對曰：「雖升他化，佛元不離寂場。」

乙丑，二十七歲
　　是春，就古吳閱《律藏》一遍，方知舉世積訛。四旬餘，錄出《毗尼事義要略》一本，僅百餘紙。此後仍一心究宗乘。
　　同二、三法友結夏。
　　寄剃度師雪嶺及闍梨古德師書，痛陳像季正法衰替，戒律不明。詞至懇切。
　　乙丑、丙寅兩夏，為二、三友人逼，演《大佛頂》要義二遍。實多會心，願事闡發，以志在宗乘，未暇筆述。

丙寅，二十八歲
　　母病篤。四刲肱不救，痛切肺肝。
　　六月初一日，母亡，享年六十七。大師賦《四念處》以寫哀。
　　葬事畢，焚棄筆硯，矢往深山。道友鑒空、如寧，留掩關於吳江之松陵。關中大病，乃以參禪工夫，求生淨土。

丁卯，二十九歲

崇禎元年，戊辰，三十歲
　　是春出關，朝南海，覲洛伽山。將往終南，遇道友雪航?公，願傳律學，留住龍居。是夏，第二次閱《律藏》一遍，始成《毗尼事義集要》四本，及《梵室偶談》。
　　是年，在龍居閱藏。於一夏中，僅閱千卷。夏初遇惺谷師，乃訂交焉，時惺谷師尚未剃染。仲冬，又獲交歸一師。於是二友最得交修之益，同結冬。
　　刺舌血書大乘經律，撰〈刺血書經願文〉，及書〈佛名經回向文〉。
　　過?李東塔，見人上堂，有感。賦偈云：「樹杪聲聲泣露哀，岸舟魚背漫相猜。宗乘頓逐東流下，觸目難禁淚滿腮。」「一滴狐涎徹體腥，當陽鴉立法王庭。卻慚普眼能弘護，猶使天人掩耳聽。」「聾人聽曲啞人歌，跛躄相將共伐柯。今日已成冥暗界，不知向後又如何。」

己巳，三十一歲
　　正月十五日，為同學比丘雪航智?師講《四分戒本》，並刺血書願文。
　　是春，同歸一籌師，送惺谷至博山，依無異艤禪師薙發。艤禪師見大師所著《毗尼事義集要》，喜之，即欲付梓。大師不許。
　　在博山，遇璧如鎬師，詳論律學，遂與訂交。
　　隨無異艤禪師至金陵，盤桓百有十日，盡諳宗門近時流弊，乃決意弘律。大師律解雖精，而自謂「煩惱習強，躬行多玷，故誓不為和尚」。「三業未淨，謬有知律之名，名過於實」，引為「生平之恥」。
　　是春，撰《持咒先白文》，願持《滅定業真言》（錄者注：指持《地藏菩薩滅定業真言》）百萬，《觀音靈感》、《七佛滅罪》、《藥師灌頂》、《往生淨土真言》各十萬，次當結壇持《大悲咒》十萬。
　　母亡三周年，乞善友課持經咒，撰《為母三周求拔濟啟》，及《為母發願回向文》。
　　秋，遊棲霞，始晤自觀印闍梨。贈以偈云：「舉世不知真，吾獨不愛假。羨君坦夷性，堪入毗尼社。」
　　是冬，同歸一籌師結制龍居。第三次閱律一遍。至除夕，第三次閱《律藏》畢，錄成六冊，計十八卷。
　　撰〈禮大報恩塔偈〉、〈持准提咒願文〉、〈禮大悲銅殿偈〉、〈起咒文〉、〈除夕白三寶文〉。
　　撰〈尚友錄序〉。

庚午，三十二歲
　　春，病滯龍居。正月初一，然臂香，刺舌血，致書惺谷。三月盡，惺谷同如是昉公從金陵回，至龍居，請季賢師為和尚、新伊法主為羯磨闍梨、覺源法主為教授闍梨，受比丘戒。經三閱律，始知受戒如法不如法事。彼學戒法，固必無此理。但見聞諸律堂，亦並無一處如法者。
　　是春，歸一籌師作〈毗尼事義集要跋〉。
　　撰《閱律禮懺總別二疏》、〈安居論律告文〉、〈為母四周願文〉、〈為父十二周求薦拔啟〉。
　　結夏安居，為惺谷壽、如是昉、雪航?三友細講《毗尼事義集要》一遍。添初、後二集，共成八冊。雖然盡力講究，不意或尋枝逐葉，不知綱要；或東扯西拽，絕不留心；或頗欲留心，身嬰重恙，聽不及半。其餘隨緣眾，無足責者。大師大失所望。
　　擬注《梵網》，作四鬮問佛，一曰宗賢首、二曰宗天台、三曰宗慈恩，四曰自立宗。頻拈，得天台鬮。於是究心台部，而不肯為台家子孫。以近世台家與禪宗、賢首、慈恩，各執門庭，不能和合故也。時人以耳為目，皆云大師獨宏台宗，謬矣謬矣。

〔案〕大師法語〈示如母〉云：「予二十三歲，即苦志參禪。今輒自稱私淑天臺者，深痛我禪門之病，非台宗不能救耳。奈何台家子孫，猶固拒我禪宗，豈智者大師本意哉？」〈複松溪法主書〉云：「私淑台宗，不敢冒認法派，誠恐著述偶有出入，反招山外背宗之誚。」「然置弟門外，不妨稱為功臣。收弟室中，不免為逆子。知我罪我，聽之而已。」

辛未，三十三歲
　　是春，撰〈毗尼事義集要序〉于皋亭古永慶寺。先是，真寂聞谷老人、博山無異禪師，勸將《毗尼事義集要》付梓流通，乃同璧如、歸一二友商榷參詳，備殫其致。惺谷以此書呈金台法主，隨付梓人，至今歲於皋亭佛日寺刊成。
　　春，同新伊法主禮大悲懺于武林蓮居庵。
　　撰〈楞嚴壇起咒〉及〈回向〉二偈。
　　八月，惺谷師示寂於佛日。師病時，大師割股救之。並賦偈云：「幻緣和合受茲身，欲剜千瘡愧未能。爪許薄皮聊奉供，用酬嚴憚切磋恩。」
　　九月，入孝豐。取道武林，晤璧如師。不旬日，師示寂。著《惺穀、璧如二友合傳》。
　　始入北天目靈峰山過冬，即靈岩寺之百福院也。有句云：「靈峰一片石，信可矢千秋。」時山中無藏，為作請藏因緣。
　　是冬，在靈峰講《毗尼事義集要》七卷。次夏，續完。聽者十餘人，惟徹因比丘能力行之。
　　是冬，有溫陵徐雨海居士，向大師說《占察》妙典。大師倩人特往雲棲請得書本，一展讀之，悲欣交集。撰〈讀持回向偈〉。

壬申，三十四歲
　　結夏靈峰。為自觀師秉羯磨授具戒。
　　撰〈龍居禮大悲懺文〉，及〈禮大悲懺願文〉。

癸酉，三十五歲
　　是春，為靈峰請藏至，未裝。
　　撰《西湖寺安居疏》。結夏金庭西湖寺，細講《毗尼事義集要》一遍。聽者九人。能留心者，唯徹因、自觀及幻緣三比丘。
　　撰〈前安居日供鬮文〉。前安居日，大師自念再三翻讀《律藏》，深知時弊多端，不忍隨俗淆訛，共蝕如來正法。而自受具，心雖殷重，佛制未周。爰作八鬮，虔問三寶：「若智旭比丘戒從心感得，十夏行持，當得作和尚鬮。若得戒前，輕犯未淨，當得禮懺作和尚鬮，先行懺法。若未得不成遮難，或已得未堪作範，當得見相好作和尚鬮，禮懺求相。若不成難而未得，當得重受鬮，如法秉受，更滿十夏。若成盜難而通懺，當得禮懺重受鬮。若已成難，當得菩薩沙彌鬮。若不許沙彌法，當得菩薩優婆塞鬮。若一切戒法悉遮，當得但三歸鬮。」「若得作和尚等三鬮，誓忘身命，護持正法。寧受劇苦，作真聲聞。不為利名，作假大乘。若得重受等二鬮，敦弟子職，誓不藐法。若得菩薩沙彌鬮，誓尊養比丘，護持僧寶。若得菩薩優婆塞鬮，誓以身命護正法，終不迷失菩提心。若得但三歸鬮，誓服役佛法僧間，種種方便，摧邪顯正。」並燃香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然頂香六炷，撰《自恣日拈鬮文》，遂拈得菩薩沙彌鬮。
　　撰〈禮淨土懺文〉二首。
　　冬，述《占察行法》。

甲戌，三十六歲
　　癸酉、甲戌之際，大師匍匐苦患。徹因比丘獨盡心竭力，相濟於顛沛中，毫無二心。
　　是冬，在吳門幻住庵，講《毗尼事義集要》一遍。聽者僅五、六人，惟自觀、僧聚二比丘能力行之。
　　撰〈禮金光明懺文〉。

乙亥，三十七歲
　　春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字靈隱）二師，為莫逆交。是冬，大師遘篤疾，二師盡力調治，不啻昆季、母子也。
　　撰〈講金光明懺〉告文。
　　夏初，住武水智月庵，講演《占察經》。是時即有作疏之願，病冗交沓，弗克如願。
　　述《戒消災略釋》、《持戒犍度略釋》、《盂蘭盆新疏》。

丙子，三十八歲
　　是春，大師自輯《淨信堂初集》。
　　三月，遁跡九華，禮地藏菩薩塔，求決疑網，拈得「閱藏著述」一鬮。於彼抱病，腐滓以為饌，糠秕以為糧，忘形骸，斷世故。續閱藏經千餘卷。
　　撰〈九華地藏塔前願文〉、〈亡母十周願文〉。

丁丑，三十九歲
　　是歲夏秋之際，居九子別峰，述《梵網合注》。先是如是昉公，遠從閩地，攜杖來尋。為其令師肖滿全公，請講此經，以資冥福。復有二、三同志，歡喜樂聞。大師由是力疾敷演，不覺心華開發，義泉沸湧，急秉筆而隨記之。共成《玄義》一卷，《合注》七卷。

〔案〕《梵網合注》初刊之板，存金陵古林庵。後康熙丙辰歲，沈書準應成時師之請，重刻板，送嘉興楞嚴寺入藏流通（見沈書準跋）。日本元祿五年所刊之板，即據此也。

戊寅，四十歲
　　結夏新安，重拈《佛頂》妙義，加倍精明。
　　〈四十初度詩〉云：「物論悠悠理本齊，年來漸覺脫筌蹄。拳開非實掌元在，翳去惟空眼不迷。流水有心終匯海，落花無語亦成蹊。?那生處生何性，卻笑威音劫外提。」
　　自輯《絕餘編》。
　　秋，踐誦帚師之約，入閩。渡洪塘，往溫陵。
　　十一月，撰《陳罪求哀疏》。

己卯，四十一歲
　　住溫陵。
　　誦帚昉師，及一切知己，堅請疏解《大佛頂經》。大師感其意，兼理夙願，在小開元撰述《玄義》二卷，《文句》十卷。
　　刊《佛頂玄義》，板藏大開元寺之甘露戒壇。
　　如是師示寂。助其念佛，並為撰《誦帚師往生傳》。
　　撰〈為如是師六七禮懺疏〉、〈輓如是師詩〉。

庚辰，四十二歲
　　住漳洲。
　　述《金剛破空論》（在溫陵刊）、《蕅益三頌》、《齋經科註》。

辛巳，四十三歲
　　結冬溫陵月臺。有郭氏問《易》，遂舉筆述《周易禪解》。稿未及半，以應請旋置。

（錄者註：今泉州大開元寺藏有大師施贈之《梵網經》兩部。卷末有大師親筆題識。文曰：「崇禎辛巳，古吳智旭，喜捨陸部。奉大開元寺甘露戒壇，永遠持誦。」）

壬午，四十四歲
　　是夏，自輯《閩遊集》。
　　自溫陵返湖州。
　　述《大乘止觀釋要》。
　　靈峰山中藏經裝成。
　　撰《鐵佛寺禮懺文》。

癸未，四十五歲
　　結夏靈峰。
　　是歲結制。簡閱藏經，僅千餘卷。

崇禎十七年、清順治元年，甲申，四十六歲
　　是秋，居?李，遊鴛湖寶壽堂。撰〈游鴛湖寶壽堂記〉。
　　返靈峰。有句云：「靈峰片石舊盟新。」
　　九月，述《四十二章經》、《遺教經》、《八大人覺經》解。
　　是歲，大師退作但三歸依人。
　　撰〈禮慈悲道場懺法願文〉、〈佛菩薩上座懺願文〉。

乙酉，四十七歲
　　自去歲退作但三歸人以來，勤禮千佛、萬佛及占察行法，於今歲元旦獲清淨輪相。
　　夏，撰《周易禪解》竟。
　　撰〈大悲行法道場願文〉。
　　是秋，住祖堂及石城北，共閱藏經二千餘卷。
　　是歲，紫竹林顓愚大師遣七人來學。

丙戌，四十八歲
　　晤妙圓尊者於石城之隈，同住濟生庵。
　　撰〈占察行法願文〉。

丁亥，四十九歲
　　三月，述《唯識心要》、《相宗八要直解》。九月，述《彌陀要解》、《四書蕅益解》。
　　去歲，顓愚大師坐脫於紫竹林。門人以陶器奉全身，供於林之山陽。今年弟子請歸雲居，於是金陵緇素，以所存爪髮、衣缽，就山陽建塔供養。大師為撰〈志銘〉。
　　是冬，自輯《淨居堂續集》。
　　居祖堂幽棲寺，除夕普說。

戊子，五十歲
　　成時師始晤大師。大師一日顧成時師曰：「吾昔年念念思復比丘戒法，邇年念念求西方耳。」成時師大駭，謂：「何不力復佛世芳規邪？」久之，始知師在家發大菩提願以為之本，出家一意宗乘。徑山大悟後，徹見近世禪者之病，在絕無正知見，非在多知見。在不尊重波羅提木叉，非在著戒相也。故抹倒「禪」之一字，力以戒、教匡救。尤志求五比丘如法共住，令正法重興。後決不可得，遂一意西馳。冀乘本願輪，仗諸佛力，再來與拔。至於隨時著述，竭力講演，皆聊與有緣下圓頓種，非法界眾生一時成佛，直下相應，太平無事之初志矣。
　　是冬，自輯《西有寱餘》。

己丑，五十一歲
　　九月，從金陵歸臥靈峰。
　　撰〈北天目十二景頌〉。
　　臘月，力疾草《法華會義》。翌年正月告成。

庚寅，五十二歲
　　結夏北天目，究心毗尼，念末世欲得淨戒，捨占察輪相之法，更無別塗。
　　六月，述《占察疏》。
　　自癸酉迄今十餘年，毗尼之學無人過問者，而能力行之徹因、自觀、僧聚三比丘，又皆物故。毗尼之學，真不啻滯貨矣。是夏安居靈峰，乃有心學律者十餘人，請大師重講。大師念向所輯，雖諸長並採，猶未一一折衷。又《問辯》、《音義》二書，至今未梓。因會入《集要》而重治之，兼削一二繁蕪，以歸簡切。名曰《重治毗尼事義集要》。
　　六月二十一日，撰〈重治毗尼事義集要序〉。
　　安居竟，重拈自恣芳規，悲欣交集，慨然有作。賦偈云：「秉志慵隨俗，期心企昔賢。擬將凡地覺，直補涅槃天。半世孤燈歎，多生緩戒愆。幸逢針芥合，感泣淚如泉。正法衰如許，誰將一線傳？不明念處慧，徒誦木叉篇。十子哀先逝，諸英喜復聯。四弘久有誓，莫替馬鳴肩。」
　　八月初八日，撰〈重治毗尼事義集要跋〉。
　　與見月律主書。談論律學，冀獲良晤。
　　冬，住祖堂。

辛卯，五十三歲
　　夏，結制長干。
　　九月，重登西湖寺。
　　是冬，歸臥靈峰。重訂《選佛圖》。

壬辰，五十四歲
　　結夏晟谿。
　　草《楞伽義疏》。八月，遷長水南郊冷香堂，乃閣筆。
　　秋，輯《續西有寱餘》。
　　是歲臘月，草《自傳》。先是是秋大師決志肥遯，緇素遮道不得，請述行腳。冬，憩長水營泉寺，念行腳未盡致，復述茲傳，曰《八不道人傳》。取《中論》「八不」，《梵網》「八不」之旨。又大師自云：「古者有儒、有禪、有教、有律，道人既蹴然不敢。今亦有儒、有禪、有教、有律，道人又艴然不屑。故名八不也。」

（錄者注：大師一號「西有」，出家前曾用「金閶逸史」號。）

癸巳，五十五歲
　　是春，大師過古吳。刪改自述〈八不道人傳〉。故從古吳傳至留都，與長水本數處不同。後成時師謂《傳》收著述未盡，請補。於是與古吳本又增數句矣。
　　夏四月，入新安。結後安居於歙浦天馬院。五月著《選佛譜》。閱《宗鏡錄》，刪正法湧、永樂、法真諸人所纂雜說，引經論之誤，及歷來寫刻之訛。於三百六十餘問答，一一定大義，標其起盡。閱完，七月作〈校定《宗鏡錄》跋〉四則。又汰《袁宏道集》，存一冊，名《袁子》。
　　秋八月，遊黃山白嶽諸處。
　　冬，復結制天馬。著《起信論裂網疏》。

（錄者注：是歲大師在歙浦棲雲院演說《彌陀要解》，釋義分科，間有與前不同。由性旦師錄出。甲午冬，大師病中，復口授數處令改正，名歙浦本。即今《十要》中之流通本也。）

甲午，五十六歲
　　正月應豐南仁義院請。法施畢，出新安。二月後褒灑日，還靈峰，自輯《幻住雜編》。夏臥病。選〈西齋淨土詩〉，製贊補入《淨土九要》，名《淨土十要》。夏竟，病癒。七月，述《儒釋宗傳竊議》。八月，續閱《大藏》竟。九月，成《閱藏知津》、《法海觀瀾》二書。
　　九月一日，撰〈閱藏畢願文〉。計前後閱律三遍，大乘經兩遍，小乘經及大小論、兩土撰述各一遍。

（錄者注：大師閱藏畢〈燃香願文〉有云：「竊見南北兩藏，並皆模糊失次，或半滿不辨，或經論互名，或真訛不分，或巧拙無別。雖有宋朝《法寶標目》、明朝《匯目義門》，並未盡美盡善。今輒不揣，謬述《閱藏知津》、《法海觀瀾》二書，倘不背佛旨，乞得成就流通。」又大師〈佛頂玄文後自序〉云：「深痛末世禪病，方一意研窮教眼，用補其偏。雖遍閱《大藏》，而會歸處不出《梵網》、《佛頂》二經。」）

乙未，五十七歲
　　元旦有偈云：「爆竹聲傳幽谷春，蒼松翠竹總維新。泉從龍樹味如蜜，石鎮雄峰苔似鱗。課續三時接蓮漏，論開百部擬天親。況兼已結東林社，同志無非法藏臣。」「法藏當年願力宏，於今曠劫有同行。歲朝選佛歸圓覺，月夜傳燈顯性明。萬竹並沾新令早，千梅已露舊芳英。諸仁應信吾無隱，快與高賢繼宿盟。」
　　正月二十日，病復發。二十一日晨起病止。午刻，趺坐繩床角，向西舉手而逝。世壽五十有七歲。法臘三十四。僧夏，從癸亥臘月至癸酉自恣日，又從乙酉春至乙未正月，共計夏十有九。
　　大師生平不曾乞緇素一字，不唯佛法難言，知己難得，亦鑒尚虛名之陋習，而身為砥也。西逝時，誡勿乞言，徒增誑誤。
　　大師著述，除《靈峰宗論》十卷外，其釋論則有：《阿彌陀經要解》一卷，《占察玄疏》三卷，《楞伽義疏》十卷，《盂蘭新疏》一卷，《大佛頂玄文》十二卷，《準提持法》一卷，《金剛破空論》（附《觀心釋》）二卷，《心經略解》一卷，《法華會義》十六卷，《妙玄節要》二卷，《法華綸貫》一卷，《齋經科注》一卷，《遺教經解》一卷，《梵網合注》八卷（後附《授戒法》、《學戒法》、《梵網懺法問辯》共一卷），《優婆塞戒經受戒品箋要》一卷，《羯磨文釋》一卷，《戒本經箋要》一卷，《毗尼集要》十七卷，《大小持戒犍度略釋》一卷，《戒消災經略釋》一卷，《五戒相經略解》一卷，《沙彌戒要》一卷，《唯識心要》十卷，《相宗八要直解》八卷，《起信論裂網疏》六卷，《大乘止觀釋要》四卷，《大悲行法辯訛》一卷（附《觀想偈略釋》、《法性觀》、《懺壇軌式》三種），《四十二章經解》一卷，《八大人覺經解》一卷，《占察行法》一卷，《禮地藏儀》一卷，《教觀綱宗》並《釋義》二卷，《閱藏知津》四十四卷，《法海觀瀾》五卷，《旃珊錄》一卷，《選佛譜》六卷，《重訂諸經日誦》二卷，《周易禪解》十卷，《辟邪集》二卷，共四十七種。
　　又定嗣注經目，有《行願品續疏》，《圓覺經新疏》，《無量壽如來會疏》，《觀經疏鈔錄要》，《十輪經解》，《賢護經解》，《藥師七佛經疏》，《地藏本願經疏》，《維摩補疏》，《金光明最勝王經續疏》，《同性經解》，《無字法門經疏》，《十二頭陀經疏》，《仁王續疏》，《大涅槃合論》，《四阿含節要》，《十善業道經解》，《發菩提心論解》，《摩訶止觀輔行錄要》，《僧史刪補》，《緇門寶訓》，共二十一種，俱未及成書。

（錄者注：上列著述，系依成時師之〈蕅益大師宗論序說〉及〈續傳〉鈔錄。此外尚有《淨土十要》、《四書蕅益解》、《見聞錄》等輯著行世。）

丙申

丁酉
　　是冬如法荼毗。發長覆耳，面貌如生，趺坐巍然，牙齒俱不壞。因不敢從粉骴遺囑，奉骨塔於靈峰大殿右。

戊戌

己亥
　　是冬，《靈峰宗論》刻板成。

庚子

辛丑

康熙元年，壬寅
　　大師入滅八年，壬寅七月，門人性旦病逝，先書囑語，面乞成時師並胞兄胡淨廣粉遺骨，代大師滿甲午臘月初三日所命。先是成時師邀淨侶禮《佛說佛名經》，旦就壇然頂燈，以報法乳深恩。至是復有此囑。謹就八月集眾修《藥王本事》七晝夜而作法焉。

雍正元年，癸卯（即日本享保八年）
　　是年孟春，日本京都《靈峰宗論》重刊版，老苾芻光謙序云：「（前略）昔嘗讀靈峰蕅益大師所著諸書，見其學之兼通博涉，其行之苦急嚴峻，因竊自歎，雖荊溪、四明大祖師，幾不及也。（中略）古人有言曰：讀孔明〈出師表〉而不墮淚者，其人必不忠。讀令伯〈陳情表〉而不墮淚者，其人必不孝。讀退之〈祭十二郎文〉而不墮淚者，其人必不友。餘亦嘗言：讀蕅益《宗論》而不墮血淚者，其人必無菩提心。（後略）”

蕅益大師年譜終

謹據弘一大師紀念館印本錄校
(文中“錄者注”為原本所加)